深部観察を可能とする新時代の顕微鏡の登場にあわせて、様々な組織透明化プロトコルが提案されている。我々が開発した迅速組織透明化プロトコルRAP (Rapid protocol for tissue clearing)は簡便かつ汎用性に優れた組織透明化プロトコルであり、小型標本の骨染色に最適化したRAP-B、成獣マウス等の有毛大型標本用のRAP-B/HR、免疫染色を組み込んだRAP-IHCなどのバリエーションが展開されている。しかし、マウス成獣脳の白質については透明化が不十分であり、RAP処理により蛍光タンパク質の活性が減弱・消失するなど、いくつかの弱点があることが分かってきた。本演題では、これを克服するためのプロトコルの開発と、組織透明化とハイコンテント・イメージング装置を組み合わせることによって実現する、組織全域にわたるハイスループット定量的３Dイメージ解析のワークフローの試行例を紹介する。